Podatek naliczony – problemy praktyczne

Otrzymywanie faktur za pośrednictwem KSeF generuje problemy praktyczne związane przede wszystkim z prawidłowym określeniem terminu tegoż otrzymania.

Począwszy od lutego tego roku przedsiębiorcy większość faktur powinni otrzymywać za pośrednictwem KSeF. „Powinni” jest tutaj słowem kluczem. W praktyce otrzymują je:

• za pośrednictwem KSeF,
• poza KSeF,
• równocześnie za pośrednictwem KSeF i poza KSeF.

Współistnienie wymienionych wariantów powoduje spore problemy z określeniem daty otrzymania faktury, a co za tym idzie prawidłowym rozliczeniem podatku naliczonego.

Zgodnie z definicją ustawową data otrzymania faktury przez nabywcę to moment nadania jej numeru przez system KSeF. Uwzględniając brzmienie przepisów można wyróżnić następujące (i najczęstsze) problemy praktyczne:

• określenie momentu nadania fakturze numeru przez system KSeF,
• odliczenie podatku z faktur wystawionych poza KSeF,
• ryzyko podwójnego odliczenia VAT (m.in. sprzedawca wystawia i wysyła do nas fakturę w PDF, następnie z tytułu tej samej transakcji wystawia fakturę za pośrednictwem KSeF),
• moment otrzymania faktury w przypadku faktur wystawionych podczas awarii i niedostępności KSeF oraz w ramach trybu offline-24.

Określenie momentu nadania fakturze nr przez system KSeF

Od pewnego czasu faktury zakupowe pobierane z KSeF mają naniesioną datę nadania im numeru przez system KSeF (funkcjonalność ta nie działa w przypadku pobierania faktury przy wykorzystaniu aplikacji mobilnej KSeF).

Zanim informacja o dacie nadania numeru pojawiła się na fakturze przedsiębiorcy najczęściej określali ją wnioskując na podstawie daty wskazanej w ramach numeru KSeF faktury. To na co warto w tym miejscu zwrócić uwagę, to fakt, iż elementem numeru KSeF jest data wysyłki faktury do KSeF. Zwykle będzie ona tożsama z datą nadania jej numeru KSeF. Mogą jednak zdarzyć się sytuacje, w których faktura została wysłana do KSeF ostatniego dnia danego miesiąca o godz. 23.59, a system KSeF nadał jej numer o godz. 00.01 pierwszego dnia kolejnego miesiąca. Przyjmowanie więc, iż zawsze data wysyłki podana w ramach numeru KSeF będzie tożsama z datą nadania tego numeru nie było rozwiązaniem bezpiecznym i mogło generować ryzyko w zakresie prawidłowego odliczenia podatku (do odliczenia mogło dojść za wcześnie). 

Odliczenie podatku z faktur wystawionych poza KSeF

Niektórzy przedsiębiorcy, mimo tego, że mają obowiązek wystawiania faktur za pośrednictwem KSeF nie stosują się do niego i wystawiają faktury poza KSeF. Z uwagi na odroczenie wejścia w życie tzw. sankcji KSeF należy liczyć się z tym, iż w 2027 r. taka praktyka będzie kontynuowana, a być może nawet wzmożona, z uwagi na to, iż od 1 stycznia 2027 r. wystawianie faktur za pośrednictwem KSeF stanie się obligatoryjne również dla mikroprzedsiębiorców, którzy nie zawsze będą na to przygotowani.

W takim przypadku nabywcy otrzymujący faktury poza KSeF mieli wątpliwości co do tego, czy mogą prawidłowo odliczyć z nich podatek (przy restrykcyjnym podejściu: skoro faktura nie została wysłana do KSeF, to nie ma nadanego numeru KSeF, a tym samym nie można przyjąć, iż nabywca ją otrzymał).

Wątpliwości w tym zakresie rozwiewa jednolita linia interpretacyjna. Dyrektor KIS w wydanych interpretacjach właściwie bez wyjątku prezentuje stanowisko, zgodnie z którym nabywca ma prawo do odliczenia podatku z faktur wystawionych poza KSeF (o ile rzecz jasna spełnione są pozostałe przesłanki materialne warunkujące skorzystanie z prawa do odliczenia).

Ryzyko podwójnego odliczenia

Kolejnym problemem praktycznym „wygenerowanym” przez KSeF jest ryzyko podwójnego odliczenia podatku. 

Wyobraźmy sobie sytuację, w której kontrahent – podatnik krajowy wystawia w październiku fakturę w pdf i wysyła ją do nabywcy mailem. Nabywca oznacza ją w JPK_VAT znacznikiem BFK i odlicza z niej VAT w październiku. Następnie sprzedawca 10 listopada wysyła tę fakturę do KSeF (nie powinien, ale wysłał). Zgodnie najnowszymi objaśnieniami ministerstwa finansów, jeżeli faktura – przed złożeniem JPK za październik ma nadany nr KSeF – powinna być oznaczona nr KSeF, a nie BFK.

Ale – jeżeli  w JPK nabywca poda nr KSeF tej faktury – to powinien odliczyć z niej podatek w listopadzie (data otrzymania faktury ustrukturyzowanej = data nadania jej nr KSeF, a to miało miejsce w listopadzie), a nie w październiku (wg daty otrzymania faktury w pdf).

W opisanej sytuacje sugeruję Państwu (jeśli mogę):

• oznaczyć fakturę otrzymaną w pdf – BFK i odliczyć z niej podatek w październiku,
• z fakturą otrzymaną w KSeF – nie robić nic (jest to faktura pusta, wystawiona w trybie art. 108 ustawy o VAT – u sprzedawcy będzie generować konieczność rozliczenia po raz drugi podatku należnego, czego może uniknąć wystawiając korektę do zera),
• kluczowe w tej sytuacji jest to, aby przypadek ten „wyłapać” i nie zapłacić takiej faktury drugi raz, ani drugi raz jej nie zaksięgować (zaliczyć do kosztów, odliczyć VAT).

Faktury wystawione podczas awarii, niedostępności oraz w trybie offline-24

Nieco inaczej termin otrzymania faktury jest określany w odniesieniu do faktur wystawionych podczas awarii KSeF, niedostępności KSeF oraz w ramach trybu offline-24.

I tak:

• w odniesieniu da faktur wystawionych podczas awarii KSeF za datę otrzymania faktury, uznaje się datę jej faktycznego otrzymania przez nabywcę. W przypadku gdy data otrzymania faktury, jest późniejsza niż data przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur, za datę otrzymania tej faktury przez nabywcę uznaje się datę przydzielenia tego numeru. 
  Nabywca każdorazowo w odniesieniu do takich faktur musi więc sprawdzać, które zdarzenie wystąpiło jako pierwsze: czy najpierw otrzymał fakturę poza KSeF (np. mailem), a dopiero później została ona dosłana do KSeF i system KSeF nadał jej numer, czy też zanim otrzymał fakturę poza KSeF (wysłaną np.  pocztą tradycyjną) sprzedawca dosłał ją do KSeF i system nadał jej numer. To ze zdarzeń, które wystąpi jako pierwsze będzie wyznaczać moment otrzymania faktury i decydować o prawidłowym odliczeniu podatku VAT.
• w odniesieniu do faktur wystawionych podczas niedostępności KSeF oraz w ramach trybu offline-24 za datę ich otrzymania uznaje się datę nadania im numeru przez system KSeF. Przepisy regulujące wystawianie faktur w dwóch wymienionych trybach przewidują możliwość dostarczenia ich nabywcom poza KSeF, tylko wówczas, gdy nabywcy nie są uczestnikami KSeF. Jeżeli więc faktura będzie wystawiona podczas niedostępności KSeF, albo w ramach trybu offline-24 na nabywcę, który jest uczestnikiem KSeF (np. transakcja B2B pomiędzy krajowymi czynnymi podatnikami VAT) przepisy nie przewidują wydania faktury nabywcy w sposób inny niż tylko za pośrednictwem KSeF. W konsekwencji datą otrzymania takich faktur przez nabywcę – uczestnika KSeF, będzie data nadania im numeru przez system KSeF.

Mając na uwadze powyższe zachowałabym daleko idącą ostrożność oraz bardzo umiarkowany optymizm co do treści zaprezentowanych przez WSA w Poznaniu, w wyrokach z dnia 5 sierpnia 2026 r. (sygn. akt: I SA/Po 725/26, I SA/Po 726/26 oraz I SA/Po 727/26). W powołanych orzeczeniach sąd stwierdził m.in., iż:

• przepisy ustawy o VAT uzależniają prawo do odliczenia od otrzymania faktury, a nie od technicznego przydzielenia numeru systemowego KSeF (???);
• faktury offline24 i wystawione podczas niedostępności otrzymane w formie papierowej lub pliku PDF dają prawo do ujęcia VAT w deklaracji za miesiąc ich otrzymania lub w trzech kolejnych okresach rozliczeniowych – niezależnie od tego, czy i kiedy zostanie im przydzielony numer KSeF.

Biorąc pod uwagę brzmienie przepisów ustawy o VAT regulujących te kwestie, tezy zawarte w powołanych orzeczeniach wydają się o tyle rewolucyjne, co zaskakujące. Nie polecam w związku z tym bezrefleksyjnego stosowania ich w praktyce. A jeżeli mimo wszystko przyjęcie takiego rozwiązania kusi – zachęcam w pierwszej kolejności skonsultować dany stan faktyczny z doradcą podatkowym.