Samofakturowanie za pośrednictwem KSeF

Krajowy System e-Faktur nie wprowadził zmian w zasadach dotyczących samofakturowania. Kreatywnym podejściem do tego zagadnienia wykazuje się jednak Dyrektor KIS, który w wydawanych interpretacjach prezentuje stosunkowo rewolucyjne podejście do tego zagadnienia, nakładając na podatników dodatkowe obowiązki.

Faktury wystawiane przez nabywcę w ramach samofakturowania powinny być co do zasady wystawiane za pośrednictwem KSeF. Przepisy dotyczące samofakturowania nie uległy zmianie. Podatnicy, którzy chcą wprowadzić taki sposób fakturowania powinni zawrzeć umowę, w ramach której wyrażą zgodę na wystawianie faktur przez nabywcę. Konieczne jest również określenie procedury zatwierdzania faktur przez sprzedawcę. Tyle ustawa.

Wątpliwości podatników dotyczyły m.in. tego, co decyduje o obowiązku wystawiania faktur za pośrednictwem KSeF – tzn. jeżeli nabywca jest dużym podmiotem, dla którego wystawianie faktur za pośrednictwem KSeF było obligatoryjne od lutego 2026 r., jego podwykonawcy natomiast to mniejsze firmy – objęte obligatoryjnym KSeF od kwietnia 2026 r. (ew. od stycznia 2027 r.) – czy faktury wystawiane przez nabywcę w ramach samofakturowania powinny być wystawiane za pośrednictwem KSeF od lutego, czy też od kwietnia 2026 r./stycznia 2027 r. ?

Wydawałoby się, że skoro faktury w ramach samofakturowania wystawia podmiot, dla którego fakturowanie za pośrednictwem KSeF jest obligatoryjne od lutego 2026 r., to również faktury wystawiane przez ten podmiot w ramach samofakturowania powinny być – począwszy od 1 lutego 2026 r. – wystawiane za pośrednictwem KSeF.

I tutaj mamy pierwsze zdziwienie. Dyrektor KIS w wydanej interpretacji stwierdził, iż w takiej sytuacji należy wziąć pod uwagę, od kiedy wystawianie faktur za pośrednictwem KSeF jest obligatoryjne dla dostawców – jeżeli od kwietnia 2026 r. (lub od stycznia 2027 r.), to nawet jeżeli dla nabywcy, który wystawia faktury w ramach samofakturowania, fakturowanie za pośrednictwem KSeF jest obligatoryjne od lutego 2026 r. – faktury wystawiane przez niego w ramach samofakturowania powinny być wystawiane za pośrednictwem KSeF począwszy od daty, w której KSeF jest obligatoryjny dla dostawców .

Takie podejście wywołuje sporo problemów praktycznych. Nabywca (duży podmiot) musi badać status swoich dostawców, poziom przychodów przez nich generowanych, kwoty faktur itd. 

Warto pamiętać również o tym, że w sytuacji odwrotnej tj. kiedy umowa dotycząca samofakturowanie jest zawarta pomiędzy nabywcą – małym podatnikiem i dostawcą –  dużym podmiotem, mały podatnik był zobowiązany wystawiać faktury w ramach samofakturowania za pośrednictwem KSeF już od 1 lutego 2026 r., czyli począwszy od daty, dla której KSeF był obligatoryjny dla dostawcy (mimo że sam, „wchodzi” w obligatoryjny KSeF od kwietnia 2026 r., lub nawet od stycznia 2027 r.).

Kolejnym zaskoczeniem, jest stanowisko Dyrektora KIS dotyczące procedury akceptacji faktur wystawianych za pośrednictwem KSeF. Spółka, która zwróciła się z wnioskiem o interpretację stała na stanowisku, iż podwykonawca będzie akceptował fakturę wystawioną w jego imieniu i na jego rzecz po jej wysłaniu przez spółkę do KSeF. Alternatywnie, jeżeli zatwierdzenie faktury byłoby konieczne przed wysyłką do KSeF, spółka będzie przesyłać podwykonawcom projekt faktury w formacie PDF. 

Dyrektor KIS w wydanej interpretacji uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe. Jego zdaniem akceptacja faktury wystawionej przez nabywcę w ramach samofakturowania powinna mieć miejsce  przed jej wprowadzeniem do obrotu prawnego (wysłaniem do KSeF). Ponadto wystawca faktury powinien przesłać do akceptacji treść faktury w pliku XML.

Akceptacja może przybrać formę aktywną (np. przesłanie drogą mailową zastrzeżeń lub uwag)  lub bierną (np. brak zgłoszenia uwag w określonym  terminie). W przypadku, gdy sprzedawca nie zgodzi się z treścią przygotowanego przez nabywcę pliku XML plik ten powinien zostać poprawiony i dopiero w takiej postaci przesłany przez nabywcę do KSeF.

Dyrektor w wydanej interpretacji poszedł krok dalej i stwierdził, iż spółce nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur podwykonawców, wystawionych przez spółkę w ramach samofakturowania, jeśli proces zatwierdzania faktur będzie się odbywał po ich wprowadzeniu do KSeF. Spółka straci prawo do odliczenia VAT również z tych faktur wystawionych za pośrednictwem KSeF, które co prawda zostały zaakceptowane przed ich wprowadzeniem do KSeF, ale na podstawie projektu faktury w PDF .

Stanowisko Dyrektora KIS, jakkolwiek rygorystyczne oraz nieznajdujące oparcia w obowiązujących przepisach, to jednak będzie rzutować na sytuację podatników. Wydaje się również, iż na tym tle może dochodzić w przyszłości do sporów z organami podatkowymi – miejmy nadzieję, iż sądy będą sprzyjać podatnikom.